No se conocen con certeza los orígenes del árbol de cacao (Theobroma cacao). Algunas teorías proponen que su diseminación empezó en las tierras tropicales de América del Sur, de la cuenca del río Orinoco o el río Amazonas, extendiéndose poco a poco hasta llegar al sureste de México. Otras plantean que ocurrió lo opuesto: se extendió desde el sureste de México hasta la cuenca del río Amazonas. Lo que se tiene por hecho es que las primeras evidencias de su uso humano se encuentran en territorio mexicano, que hace mucho tiempo fue ocupado por culturas prehispánicas.

En 2008 el Instituto Nacional de Antropología e Historia de México publicó estudios de las Universidades de Columbia, Arizona, Yale, Wisconsin y Kennesaw, en los que los análisis aplicados a una vasija encontrada en las excavaciones de Cerro Manatí, ubicado dentro del ejido del Macayal, en el municipio de Hidalgotitlán, Veracruz, concluyen que el consumo de cacao puede haberse dado 800 años antes de lo que se creía, en el período formativo (1900-900 a. C.). La vasija está datada mediante carbono 14 en 1750 a. C. y contiene restos de teobromina, componente marcador de la presencia de cacao en las vasijas es de alrededor del 1100 a. C. en el sitio arqueológico de Puerto Escondido (noreste de la actual Honduras), más recientes estudios (octubre de 2007) emprendidos por el equipo de arqueólogos dirigidos por John Henderson (Universidad Cornell) y Rosemary Joyce (Universidad de California en Berkeley) no solo ratifican que ya en el 1000 a. C. se consumía el chocolate en la región sino que muy probablemente en ésta el consumo se inició hacia ca. el 1500 a. C. Se encontró en muestras de cerámica de Belice de entre el 600 al 400  a. C. Según Michael Coe, la bebida fue popularizada en Mesoamérica por los olmecas, pero la evidencia indica una popularidad más temprana.

En los primeros tiempos el consumo parece haber sido en forma de una especie de «cerveza»; es decir, una bebida basada en la fermentación más que de los granos del cacao de la pulpa del mismo. Tal «cerveza de chocolate», cuyos restos se hallan en las vasijas cerámicas de Puerto Escondido, tendría una importante función ritual y muy probablemente se utilizaba en las celebraciones de matrimonios. Bastante posteriormente, los olmecas, mayas y mexicas (entre otras civilizaciones mesoamericanas) comenzaron a consumir el chocolate derivado de la pasta de los granos aliñada o aderezada con chile. En forma semi líquida y líquida, el chocolate solía ser bebida preferida de las realezas, que lo consumían en vasos especiales (jícaras). Igualmente era considerado (con razón) un alimento tonificante o energizante, que se podía consumir mezclado en una masa de harina de maíz mezclada con chiles y miel.

De acuerdo a la mitología maya, Kukulkán le dio el cacao a los mayas después de la creación de la humanidad, hecha de maíz (Ixim) por la diosa Xmucané (Bogin 1997, Coe 1996, Montejo 1999, Tedlock 1985). Los mayas celebraban un festival anual en abril, para honrar al dios del cacao, Ek Chuah, un evento que incluía sacrificios de perros y otros animales con marcas pintadas de chocolate, ofrendas de cacao, plumas, incienso e intercambio de regalos.

• Siglos después de los mayas, los mexicas (aztecas) continuaron el gusto por el chocolha maya. Se sabe que el emperador Moctezuma gustaba de beber una taza de éste diluido en agua. Una leyenda dice en México que el mismo dios Quetzalcóatl (casi equivalente al Kukulkán maya) en tiempos ancestrales dio a los hombres en sus manos las primeras semillas de cacao. Era un alimento muy común entre los mexicas y mayas. Su preparación se efectuaba de la siguiente manera: las semillas eran primero tostadas y luego molidas para hacer una pasta que después se mezclaba con agua. Esta mezcla se calentaba hasta que la manteca o grasa del cacao subía a la superficie. Se le quitaba la espuma y luego se volvía a mezclar –según ciertas proporciones– con la bebida; finalmente se batía enérgicamente para formar un líquido con una espuma consistente que se bebía frío. A esta preparación de base se le añadían –según el gusto– diferentes ingredientes, como chile, achiote, vainilla y miel como endulzante y harina de maíz como emulsionante básico para absorber la manteca de cacao. El resultado era una bebida sumamente energética pero también muy amarga y picante.
• En la región de Mesoamérica en México, las semillas de cacao eran tan apreciadas por los aztecas que eran usadas como moneda corriente para el comercio de la época.

El cacao también era utilizado como moneda en las culturas prehispánicas ya que era uno de los productos que se utilizaban para pagar el tributo al “tlatohani”.

Sin embargo, nuevos estudios arqueológicos revelan que el cacao es, en efecto, de origen sudamericano, y que se consumía en Ecuador desde hace unos 5500 años.

De América a Europa

• El primer europeo que probó esta bebida, antecedente del chocolate, pudo muy bien haber sido el mismo Cristóbal Colón en 1502 al llegar a la isla Guanaja (Isla de Pinos, en la costa de la actual Honduras), en su cuarto viaje a América.
• Cristóbal Colón, a su vuelta a España, lleva muestras de cacao a los Reyes Católicos; sin embargo no tiene éxito por su sabor amargo y picante y por su aspecto sucio. Aun así es de las muestras que Hernán Cortés –también consciente del valor del cacao entre los aztecas– decidió llevarse consigo a la España de Carlos I en 1528 de donde surge la historia del chocolate en Europa. Cortés, al probar el brebaje preparado por los aztecas, lo había descrito así: “cuando uno lo bebe, puede viajar toda una jornada sin cansarse y sin tener necesidad de alimentarse”. Además del valor alimentario también le había llamado la atención el valor monetario que le daban los aztecas.

• En el siglo XVI, Hernán Cortés introdujo en la corte española el chocolate que bebían los aztecas. Las damas de la realeza española se lo reservaban para ellas y lo tomaban a sorbitos en secreto, condimentado con especias y a veces con pimienta. La bebida de chocolate fue popular con los religiosos de México, y cuando regresaban a España trajeron el cacao consigo para tener esa bebida. Con el tiempo se introdujo en los estratos más altos de la sociedad europea.

• La incorporación de azúcar (y de especias como vainilla y canela) a esta bebida –pudiendo así denominarse chocolate con un sentido actual– es una idea con origen incierto: por un lado se sabe que en México alrededor de finales del siglo XVI gracias a la Nao de China llegó a gran escala la canela procedente de la isla de Ceylán o Sri Lanka y está claro que la extensión por parte de los españoles del cultivo de la caña de azúcar en América pudo haber facilitado que fuese allí donde se mezclasen ambos productos por primera vez. Por otro, es recurrente la noticia de que eso sólo ocurrió al llegar el cacao a Europa. En cualquier caso, tal combinación se asocia casi siempre a obra de miembros de órdenes religiosas: las monjas de un convento de Oaxaca (México) que añadieron azúcar al cacao y el Monasterio de Piedra, en Zaragoza, son los dos lugares, en América y Europa respectivamente, que parecen haber sido los primeros en poner en práctica por primera vez esa combinación.
• Había, por lo demás, algunos desacuerdos entre las altas esferas eclesiásticas por el supuesto poder excitante que generaba en quienes lo tomaban. Por ejemplo, el obispo de Chiapas tuvo que prohibir su consumo dentro del recinto de la iglesia porque las damas españolas para hacer más llevaderos los minuciosos sermones, se hacían servir chocolate por sus criados y lo bebían durante la ceremonia. Este hecho irritó al prelado, quien amenazó con excomulgarlas si seguían con esa práctica.
• Puede argüirse también que fueron misioneros jesuitas –y no exploradores del Nuevo Mundo– los responsables de llevar por primera vez el chocolate a España, Italia y Francia a través de una red internacional de conventos y monasterios. Fue también gracias a la presión de los misioneros jesuitas como los granos de cacao en crudo, sin procesar, empezaron a exportarse en barco a Europa.